Deze operatie vindt plaats onder narcose. Via de huid (= percutaan) wordt de nier aangeprikt. De toegang wordt wijder gemaakt, zodat speciale instrumenten via een werkkanaal (een hol buisje met een diameter van 1 cm) bij de steen gebracht kunnen worden. De steen kan hierna kapot gemaakt worden en de kleinere steenfragmenten worden vervolgens verwijderd. 

De niersteen wordt, indien mogelijk, volledig verwijderd. Soms blijven kleinere steenfragmenten in de nier achter, die later met de niersteenvergruizer of een ureterorenoscopie behandeld kunnen worden. Soms plast u ze ook spontaan uit.